生物有機肥營養元素齊全，為作物提供全面的養分；生物有機肥有機質含量高，能夠改良土壤，改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力，緩解長期使用化肥造成的土壤板結；生物有機肥廠家生產生物有機肥中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關系，抑制有害菌生長并轉化為有益菌，相互作用，相互促進，起到群體的協同作用，有益菌在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物，促使有機物的分解轉化，能直接或間接為作物提供多種營養和刺激性物質，促進和調控作物生長。

目前有機肥料主要包括精制有機肥和生物有機肥。云南生物有機肥正規廠家生產的有機肥必須在包裝袋上標注質量標準，其產品質量指標必須符合所標注的質量標準要求。目前精制有機肥執行的質量標準是農業部NY525-2012標準，主要的質量指標是氛磷鐘養分總含量>5%，有機質含量>45%:生物有機肥執行農部NV884-2012標準，有效活菌含量>0.2億個/克，有機質含量>40%。這兩種肥料的大腸桿菌含量都<100個/克，蛔中卵死廣率>95%，重金屬含量也必須小于標準要求。

農業部的標準是強制標準，也是低標準，也就是說任何一家企業生產的這兩種肥料，其質量指標必須達到標準要求，否則就是不合格產品。比如說精制有機肥有機質含量，只要低于45%，且超出了允許誤差，無論其包裝袋上怎么標注，都屬于不合格產品。那么企業質量標準優于農業部標準行不行?這是可以的，企業在生產中可以執行企業標準，但其企業標準產品指標必須優于農業部標準，并且以企業在包裝袋上印的標準來判定合格產品。